สำหรับการระบายน้ำของเครื่องแยกน้ำไม่ว่าจะสำหรับการใช้งานทั่วไปหรือสำหรับการใช้งานแบบกึ่งพ่วง ขั้นตอนพื้นฐานจะคล้ายกัน ก่อนอื่น ให้ค้นหาเครื่องแยกน้ำบนรถ ซึ่งโดยปกติจะอยู่ใกล้กับถังเชื้อเพลิงและมีลักษณะเป็นทรงกระบอก ใต้ตัวกรองหยาบที่ด้านล่างของเครื่องแยกน้ำ คุณจะพบปุ่มหรือสกรู คลายปุ่มหรือสกรูนี้ออกเบาๆ ทวนเข็มนาฬิกา แล้วน้ำจะไหลออกมาเองตามธรรมชาติ หลังจากที่น้ำไหลสะอาดแล้ว ให้ขันปุ่มหรือสกรูตามเข็มนาฬิกา จากนั้นรถก็จะสามารถกลับมาใช้งานปกติได้
หากพบว่าน้ำที่ไหลออกนั้นสกปรก คุณสามารถฉีดน้ำสะอาดเข้าไปในตัวแยกน้ำเพื่อทำการล้างเพื่อป้องกันไม่ให้ผนังด้านในถูกออกซิไดซ์จากสิ่งสกปรก นอกจากนี้ การระบายน้ำและเปลี่ยนตัวแยกน้ำเป็นประจำถือเป็นมาตรการสำคัญในการรักษาให้เครื่องอยู่ในสภาพการทำงานที่ดี โดยทั่วไปขอแนะนำให้ปรับเวลาเปลี่ยนตามการใช้งานจริงและคุณภาพเชื้อเพลิง โดยปกติแล้วหลังจากระยะทางที่กำหนด